เมื่อสามสิบปีก่อน การปรากฏตัวของ “สิ่งมีชีวิตต่างถิ่นผู้รุกราน” ปริศนาที่ไม่ทราบที่มา ได้ผลักโลกให้เข้าใกล้หายนะครั้งใหญ่ มนุษยชาติต้องต่อสู้อย่างยาวนานเพื่อช่วงชิงดินแดนคืนจากเหล่าผู้รุกราน แม้ปัจจุบันจะสามารถรักษาเขตปลอดภัยเอาไว้ได้ แต่โลกก็ยังคงตกอยู่ในสภาวะที่พร้อมล่มสลายได้ทุกเมื่อ
ท่ามกลางความหวาดกลัวที่กัดกินผู้คนจากภายใน หลายคนเลือกใช้ชีวิตประจำวันราวกับไม่มีอะไรเกิดขึ้น หลบเลี่ยงความจริงอันโหดร้ายที่ยังคงคืบคลานเข้ามาไม่หยุด
เพื่อรับมือกับภัยคุกคามครั้งนี้ องค์กรสืบสวนและปราบปรามสิ่งมีชีวิตอันตรายแห่งสหประชาชาติ EXCEEDS จึงถูกก่อตั้งขึ้น พร้อมภารกิจในการปกป้องมนุษยชาติจากหายนะที่เกิดจากเหล่าสิ่งมีชีวิตผู้รุกราน
เรื่องราวเริ่มต้นขึ้น ณ มิซูโฮะ ประเทศหมู่เกาะอันห่างไกลทางตะวันออกไกล ที่ซึ่ง คุเสะ ชีนะ เด็กสาวนักล่าสิ่งมีชีวิตผู้รุกราน อาศัยอยู่บนเกาะเล็ก ๆ กับ เซ็ตสึนะ น้องสาวผู้เป็นครอบครัวเพียงคนเดียว
ชีนะไม่เคยปรารถนาชื่อเสียงหรือเกียรติยศ สิ่งที่เธอต้องการมีเพียงการใช้ชีวิตอย่างสงบสุข เคียงข้างน้องสาวที่รัก
ทว่าโชคชะตากลับไม่ปล่อยให้ความปรารถนาอันเรียบง่ายนั้นเป็นจริง เมื่อเหตุการณ์ปริศนาครั้งหนึ่งนำพาเธอเข้าสู่ศูนย์กลางของมหันตภัย ซึ่งอาจเป็นกุญแจสำคัญที่จะกำหนดอนาคตของทั้งมนุษยชาติ
ในโลกที่ความหวังและความสิ้นหวังดำรงอยู่เคียงคู่กัน การต่อสู้เพื่อปกป้องสิ่งสำคัญจึงได้เริ่มต้นขึ้น…