จิโร่ อาซึมะ เด็กหนุ่มวัย 17 ปี ใช้ชีวิตอย่างเรียบง่ายร่วมกับปู่ผู้เป็นทายาทของตระกูลนินจาโบราณ ทั้งสองสืบทอดวิชาการต่อสู้ประจำตระกูล และจิโร่ยังมีพรสวรรค์พิเศษที่สามารถสื่อสารกับสัตว์ได้ ทำให้เขามักยื่นมือเข้าช่วยเหลือและปกป้องพวกมันอยู่เสมอ
วันหนึ่ง ชีวิตอันสงบสุขของเขาต้องเปลี่ยนไป เมื่อช่วยชีวิตแมวดำตัวหนึ่งชื่อ “ราโก” ก่อนจะรู้ความจริงว่ามันไม่ใช่แมวธรรมดา แต่เป็น “โมโนโนเกะ” วิญญาณปีศาจที่อยู่ท่ามกลางสงครามอันยาวนานกับมนุษย์ เมื่อเหล่าโมโนโนเกะศัตรูตามล่าราโก จิโร่จึงใช้วิชานินจาเข้าต่อสู้เพื่อปกป้องมัน แต่กลับได้รับบาดเจ็บสาหัสจนใกล้เสียชีวิต
ในช่วงเวลาคับขัน ราโกต้องเลือกระหว่างดูดพลังชีวิตของจิโร่เพื่อฟื้นฟูตนเอง หรือเสียสละพลังที่เหลือทั้งหมดเพื่อช่วยชีวิตเขา สุดท้ายราโกเลือกมอบพลังให้จิโร่ ส่งผลให้เด็กหนุ่มฟื้นคืนชีพ พร้อมได้รับพลังเหนือธรรมชาติที่หลอมรวมเข้ากับวิชานินจา จนกลายเป็นนักสู้ผู้ทรงพลังยิ่งกว่าเดิม
เหตุการณ์ครั้งนั้นไปเข้าตา เรียวสุเกะ ชิบะ เจ้าหน้าที่จากสำนักงานสืบราชการลับ ซึ่งมีหน้าที่รับมือและกำจัดโมโนโนเกะอันตราย เขาจึงชักชวนจิโร่และปู่ให้เข้าร่วมหน่วยปฏิบัติการพิเศษ “แบล็กทอร์ช” เพื่อร่วมต่อสู้กับเหล่าโมโนโนเกะทรงพลังที่คุกคามและหมายเอาชีวิตผู้บริสุทธิ์ นับเป็นจุดเริ่มต้นของภารกิจสุดเข้มข้น ระหว่างนินจาและอสูร ที่จะกำหนดชะตาของทั้งสองเผ่าพันธุ์